传说文成公主用五行算法算出妖魔罗刹女的一臂在贡布日山的西南方向,需建一寺镇压,方能保证国运昌盛,而那儿是一大湖……
昌珠寺建于松赞干布时期。传说文成公主用五行算法算出妖魔罗刹女的一臂在贡布日山的西南方向,需建一寺镇压,方能保证国运昌盛,而那儿是一大湖,湖中有一五头怪龙在兴风作浪,于是松赞干布即在贡布日修法,终成正果,遂令大惊鸟降伏了怪龙,湖水也随之干涸,昌珠寺亦即在此建成。传说带有浓厚的神话色彩,但是将昌珠寺和松赞干布、文成公主及大昭寺联系在一起,至少说明关于该寺始建于松赞干布时期的说法是可信的。
昌珠寺最早的建筑,是现主寺对面的小殿,名“乃定拉康”,习惯上则常称“乃定学”(第一层)、“乃定当”(顶层)。乃定学东西长10.2米,南北宽7.3米,内有六柱。殿内后壁原供奉佛像甚多,本尊则为松赞干布。乃定当与乃定学范围相同,本尊为莲花生。据说这幢早期建筑当年是用“贝玛”草堆砌起来的,而现在的建筑则是石木结构,说明是晚期修缮的格局。
昌珠寺最初的规模很小,据说只有六门六柱和祖拉康,以后该寺在原有建筑上曾经三次大规模的修缮和扩建:
(一)寺史记载:“乃东贡玛司徒菩堤幢曾对该寺大加修建”。其时代因而不会早于公元1351年。这次修建后增添了较多佛堂,可以说大体奠定了以后昌珠寺的格局。
(二)五世达赖时期曾对该寺作过较多修缮和增建,加盖了大殿金顶、错钦大殿门的门楼,除其底部留有少量原来建筑外,余皆五世达赖时期改建和增建。该寺前庭院南侧的桑阿颇章也系其时的建筑。
(三)“七世达赖格桑嘉措亦曾修缮此寺”。这次修缮和扩建后的昌珠寺,规模比以前扩大了百倍,面积达4667平方米(长81米、宽57.6米),拥有21个拉康和漫长的转经回廊,屋顶饰以富丽堂皇、熠熠生辉的金顶,更显得非同凡响。