清朝皇帝与布达拉宫有着很深的渊源。布达拉宫初建时,清朝执政皇帝是顺治,达赖喇嘛传至五世,五世达赖喇嘛率侍从三千觐见顺治帝,得到了清政府金印、金册的册封,得到了清政府金银珠宝的赏赐,从政治上、经济上都给予布达拉宫的重建以强有力的支持,五世达赖喇嘛也因政治、宗教各方面功绩显赫,被称为伟大的五世,布达拉宫红宫内的五世达赖喇嘛灵塔也是最大最宏伟的一座,是藏族人民用厚葬来回赠这位内政外交上做出重大贡献的领袖。
公元1682年,五世达赖喇嘛圆寂后,因担心摄政第巴桑杰嘉措难以控制局面,于是遗诏摄政以达赖喇嘛闭关密修而密不发丧13年,1695年康熙皇帝得知了这一情形,严厉指责了第巴桑杰嘉措,失去了清政府的关照,第巴桑杰嘉措,这个对布达拉宫的修建有汗马功劳的功臣,惨遭当时西藏政治恶势力拉藏汗的杀害,抛尸河中;后来,六世达赖喇嘛仓央嘉措也受到牵连,押解北上,于青海湖边遁化,不知所踪。 在布达拉宫红宫内,有清朝皇帝众多遗物,比如雍正皇帝曾册封过七世达赖喇嘛以金印,金印刻有汉藏满蒙四种文字,西藏政教全一制度中一位僧官三位俗官的规定就是从七世达赖开始的;在布达拉宫白宫最大殿堂东大殿达赖喇嘛的宝座上方,高悬着清朝同治皇帝御笔亲书的“振锡绥疆”匾额;在布达拉宫红宫最大的殿堂西大殿里悬挂着清朝乾隆皇帝御笔亲书的“涌莲初地”匾额;在红宫最高处的三界殊胜殿,供奉着乾隆皇帝身穿僧服的画像,画像前供奉着“当今皇帝万岁万万岁”牌位,在大殿北侧还供奉着康熙皇帝的“长生禄位”,每年藏历正月初三,达赖喇嘛都要率僧俗官员叩拜皇帝牌位;以及圣观音殿门口同治皇帝书写的“福田妙果”匾额、布达拉宫广场乾隆皇帝的“十全武功碑”等文物。